Việc xây dựng bức tường biên giới, như được hình dung trong sắc lệnh, có thể gây ra thiệt hại môi trường đáng kể, bao gồm việc phá hủy môi trường sống, chia cắt môi trường sống và có thể gây hại cho động vật hoang dã, bao gồm cả các loài có nguy cơ tuyệt chủng. [118] [119] [120] Một số loài có thể bị ảnh hưởng bao gồm cừu sừng lớn, gấu đen và cú lùn. [121] Một vụ kiện được tranh luận gay gắt về các vấn đề trên đã được đưa ra bởi Trung tâm Bướm Quốc gia, sau khi các nhân viên ở đây phát hiện ra rằng các phần của bức tường theo kế hoạch sẽ được xây dựng xuyên qua nhiều khu đất. Tuy nhiên, Thẩm phán Richard J. Leon đã bác bỏ vụ kiện chống lại Bộ An ninh Nội địa, dẫn đến việc Trung tâm tuyên bố rằng họ sẽ tập hợp lại hồ sơ hoặc kháng cáo vụ việc. [122]

Ngoài ra, đất thuộc sở hữu tư nhân tiếp giáp với biên giới sẽ phải được mua lại bởi chính phủ Hoa Kỳ để được xây dựng bức tường trên đó. [123] Các chủ sở hữu bất động sản ở miền nam Texas sẽ mất khả năng tiếp cận dễ dàng với những phần đất rộng lớn của họ vì bức tường được xây lên sẽ chia cách khu đất nhưng vẫn cách biên giới ở Rio Grande một khoảng khá xa. [124] Việc xây bức tường cũng khiến nhiều ngôi mộ lịch sử ở Nam Texas sẽ phải bị phá bỏ. [125] Vào năm 2017, nhà phát hành trò chơi tiệc tùng châm biếm Cards Against Humanity đã mua một khu đất ở biên giới để ngăn việc bức tường được xây dựng ở đó. [126]

Đài tưởng niệm quốc gia Organ Pipe Cactus

Đến tháng 10 năm 2019, việc ủi đất đã được tiến hành bên trong Đài tưởng niệm Quốc gia Organ Pipe Cactus, một khu bảo tồn sinh thái ở Sa mạc Sonoran được thành lập vào năm 1976. Đội kỹ sư cho biết họ sẽ di dời các cây xương rồng bị chiếm chỗ, mặc dù điều này dường như không xảy ra trong một số trường hợp. [127] Tháng 2 năm 2020, phía nhà thầu tiến hành nổ mìn. [128] Di tích Organ Pipe bao gồm 22 địa điểm khảo cổ lưu trữ "tàn tích chưa được khai quật của các dân tộc trên sa mạc Sonoran cổ đại", một số có thể có niên đại 16.000 năm trước. Bộ tộc Tohono O'odham đã phản đối bất kỳ việc xây dựng bức tường mới nào tại đây, vì họ "đã từng sống trong khu vực này từ xa xưa", theo lời của trưởng tộc. [129]

Kể từ năm 2019, các công nhân xây dựng bức tường biên giới đã phối hợp cùng với các quan chức của công viên nhằm tránh gây ra thiệt hại. [130] Tuy nhiên, một cuộc khảo sát năm 2019 của Trung tâm Đa dạng Sinh học cho thấy việc xây dựng bức tường có tác động tàn phá đến hệ sinh thái, với việc địa điểm xây dựng nằm rất gần Khu bảo tồn Động vật Hoang dã Quốc gia San Bernardino và khu vực hành lang di cư tích cực của loài báo đốm Bắc Mỹ, cũng như những địa điểm sinh thái vốn đã bị tổn hại nặng nề từ trước ở các địa điểm như Trang trại giết mổ San Bernardino. Cuộc khảo sát cũng cho thấy việc bơm nước ngầm không hạn chế từ các tầng chứa nước địa phương để sản xuất bê tông cho tường sẽ có gây ra tác động phá hủy hệ sinh thái dưới lòng đất cũng như hệ sinh thái bề mặt được duy trì bởi nước ngầm. [131]